集團總部共設19個部門（中心、事業部），擁有各級子、分公司共計34家，參股公司21家。
其中集團總部部門包括：
業務部門11個：
董事會辦公室、總經辦/綜合辦公室、企業管理部、投資與資本運營部、財務管理部（結算中心）、人力資源部、法律合規部、審計部/監事會工作部、安全監察部、地保保衛部、規劃與智慧城軌部
黨口部門5個：
黨委辦公室/黨委組織部、黨委宣傳部（融媒體中心）、工會辦公室、團委辦公室、紀檢監察室
二層機構2個：
培訓中心（培訓公司）、檔案中心
業務型事業部1個：
公共交通運營管理事業部
分公司1家：
資源開發分公司
二級全資子公司8家：
南寧軌道交通建設有限公司
南寧軌道交通運營有限公司
南寧軌道地產集團有限責任公司
南寧鐵路樞紐投資有限公司
南寧公共交通集團有限公司
南寧軌道交通二號線建設有限公司
南寧軌道交通五號線建設有限公司
南寧軌道交通二號線東延工程建設有限公司
二級控股子公司5家：
南寧市市民卡信息服務有限責任公司
南寧軌道江南混凝土有限公司
南寧軌道交通三號線建設有限公司
南寧軌道交通四號線建設有限公司
廣西城軌工程建設有限公司
三級全資子公司18家：
南寧軌道地產建筑工程有限責任公司
南寧軌道地產商業運營有限責任公司
南寧軌道地產物業服務有限責任公司
南寧市海茵房地產開發有限責任公司
南寧市城展房地產開發有限責任公司
南寧軌道地產置業咨詢有限責任公司
南寧軌道混凝土有限公司
南寧軌道錦繡中堯房地產有限公司
南寧金盛興房地產開發有限公司
南寧軌道瑞世天和房地產有限公司
南寧邕城公共交通有限公司
南寧公交出租汽車有限公司
南寧市金盾道路清障有限責任公司
南寧慧泊停車場服務有限責任公司
廣西慧德物業服務有限責任公司
南寧麗邕投資發展有限責任公司
廣西城通工程咨詢有限責任公司
南寧軌道交通六號線建設有限公司
三級控股子公司2家：
南寧公交再生資源有限公司
廣西天天快充充電樁服務有限責任公司
參股公司21家：
南寧中車軌道交通裝備有限公司
南寧中鐵廣發軌道裝備有限公司
廣西南寧機場綜合交通樞紐建設有限公司
廣州軌道教育科技股份有限公司
云寶寶大數據產業發展有限責任公司
廣西交控智維科技發展有限公司
寶信軟件（廣西）有限公司
南寧聯培人才教育科技有限公司
廣西眾合智控科技有限公司
佳都創智科技有限公司
中鐵北部灣勘察設計有限公司
南寧華信房地產開發有限公司
南寧市華信小額貸款有限公司
南寧市中聯圓夢房屋置換有限責任公司
中房集團聯合投資股份有限公司
南寧軌道華潤置地有限公司
南寧白馬公共交通有限公司
南寧市白馬快速公交有限公司
南寧市白馬二號線快速公交有限公司
廣西咪付智慧科技有限公司
廣西軌交智維科技有限公司
